一、水苏糖系从天然蔬菜中提取，并且是用水溶法提取，提取过程中未加任何有机溶剂或酶制剂，保留了产品的纯天然属性。低聚果糖一般是以蔗糖为原料，经过黑曲霉产生的的果糖转移酶作用生成。其反应式为GF（蔗糖）→GF₂ （蔗果三糖）+（GF₃）（蔗果四糖）+（GF₄）（蔗果五糖）+G（葡萄糖）。其缺点是反应过程复杂，很难控制，易生成其它中间产物，其质量易受酶的纯度、活性、反应温度等的影响而难以控制，质量波动较大。

    二、水苏糖为单一制剂，分子结构、功效原理十分清楚，这为开发新产品，研究药物的配伍、药效原理、作用靶点等都提供了很好的分子生物学基础。低聚果糖依据其生产工艺决定了它是一种混合物，含有未反应完的蔗糖，果糖，反应的终产物为葡萄糖，和产物蔗果三糖、蔗果四糖、蔗果五糖等等，且其含量随反应时间、反应温度、底物含量等的变化而变化，虽然目前已知蔗果三糖、蔗果四糖、蔗果五糖等都有增殖双歧杆菌的效果，但不知其每一种又有什么特性，在功效上又有什么差别，这也给低聚果糖的使用带来影响，这也限制了低聚果糖在药品中的应用。                                                
    三、水苏糖性质十分稳定，在140℃高温下也不会分解，pH=3时，加热到120℃仍残存70%，当pH=4.0时加热到120℃较稳定，所以可广泛地应用于罐头食品；将糖浆调pH=3在20℃存放120日，仍保留85%以上，37℃下存放120日后仍残留60%以上，所以可有效地应用于蒸煮食品、酸性食品中。低聚果糖的溶液的热稳定性受酸碱度影响较大，当PH值为中性时，120℃条件下还相当稳定，但在酸性条件下（pH=3）时，温度达到70℃以后极易分解。

    四、经试验证明：水苏糖可迅速地增殖双歧杆菌100～1000倍。而低聚果糖仅能增殖10倍左右。水苏糖的起效剂量为0.5克，而低聚果糖的最低使用量是5克。其生物效价比远低于水苏糖。五、水苏糖分子中含有α-（1，6）糖苷键，人体和大多数微生物都没有相应的酶系统，所以不能利用，只有少数含有α半乳糖苷酶的有益菌才能利用，如双歧杆菌、乳杆菌等，水苏糖的专一性很强。低聚果糖分子以β（1→2）糖苷键连接，人体没有相应的酶系统，不能利用，但除双歧杆菌外，酵母菌等真菌体内也有这种酶系统，所以酵母菌也可以利用低聚果糖，这样低聚果糖就不能应用于发酵食品，如面包、发酵乳、啤酒等食品中，这大大限制了它作为功能性食品基料的用途