一、提取的原料及工艺不同水苏糖是从天然存在的蔬菜植物中提取的，这种蔬菜中国人已经食用了数千年，没有任何不良反应的报道，提取水苏糖的溶剂为水，不添加任何其他有机溶剂，产品中也不会有有机溶剂残留，这样食用十分安全，出口也不会有任何限制。大豆低聚糖是提取大豆蛋白的副产品。从大豆中提取大豆蛋白后，产生大量的大豆乳清，若直接排放，会对环境造成很大的污染。所以，一般将此有机废水利用，从中提取大豆低聚糖。由于大豆乳清成分较复杂，所以提取的工艺较繁琐，质量也较难控制。
二、大豆低聚糖的功效成分也是水苏糖，但其有效成分含量很低，杂质含量高，提纯很困难大豆低聚糖的主要功效成分就是水苏糖、棉子糖，但因为常常含有其他多种普通糖类，如：蔗糖、葡萄糖等，这样就限制了它不能给糖尿病人和高血糖人群食用，所以它的使用面远比不上高纯度水苏糖。大豆低聚糖的一般组成为:
虽然大豆低聚糖的主要成分也是水苏糖，但要将水苏糖从中提纯出来相当困难，成本也会大幅增加。
三 、水苏糖的保健用量少公司生产的水苏糖保健用量是0.5-3克/天，而大豆低聚糖的保健用量是8-10克/天。所以大豆低聚糖的功效远比不上水苏糖。
四、水苏糖结构清楚，功效因子明确水苏糖可以作为医用原料添加进药品中，作为辅助治疗剂使用。大豆低聚糖不能作为医用原料使用。五、水苏糖节能环保提取水苏糖的溶剂是水，提取完的残渣为植物纤维、蛋白质和果胶，不需处理即可以作为动物饲料使用，可以做到对原料的完全利用。提取完大豆低聚糖的大豆乳清必须经过处理后，也只能向环境排放。
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名称
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水分
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水苏糖
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棉子糖
|
蔗糖
|
其它
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糖浆
|
24
|
18
|
8
|
34
|
16
|
颗粒
|
3
|
23
|
7
|
44
|
23
|
混合粉末
|
3
|
11
|
4
|
22
|
60
|
精制品
|
24
|
32
|
17
|
5
|
22
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名称
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水分
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水苏糖
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棉子糖
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蔗糖
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其它
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糖浆
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24
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18
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8
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34
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16
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颗粒
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3
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23
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7
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44
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23
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混合粉末
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3
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11
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22
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60
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精制品
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24
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32
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5
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22
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